Όργανα διοίκησης σχολικών εργαστηριακών κέντρων και σχολικών εργαστηρίων είναι:

α) ο Διευθυντής του ΣΕΚ,
β) ο Υποδιευθυντής του ΣΕΚ
γ) οι Υπεύθυνοι Τομέων ΣΕΚ και
δ) οι Υπεύθυνοι Εργαστηρίων ΣΕΚ.
Σε κάθε ΣΕΚ λειτουργεί και σύλλογος διδασκόντων.